Nel 1289 la nostra Università corse un grave pericolo che in parte ne interruppe lo sviluppo e ne oscurò lo splendore. II Libero Comune di Padova aveva promulgato alcuni ordini che davano piena libertà religiosa allo Studio. Venuto ciò a cognizione del Papa Nicolò IV (Gerolamo Nasci di Ascoli Piceno) furono con sua bolla dichiarati ordini iniqui, orridi e nefandi, perché davano diritto, diceva il Papa, di offendere il Clero della Diocesi padovana, ed ordino che entro 15 giorni quegli Statuti venissero aboliti. Non obbedirono i Padovani ed il Papa mando a Padova come suo Nunzio, munito di pieni poteri, il frate Bonaventura arcivescovo di Ragusa, il quale istituì il processo ecclesiastico, ed il 27 maggio dell'anno stesso emano sentenza di censura contro i ribelli Padovani che non avevano revocato i dannati statuti entro i quindici giorni concessi dal Papa.

Questa condanna privava la città della Podesteria, del Capitaniato e di tutti gli onori e privilegi concessi da altri Papi allo studio di Padova, intimando inoltre a tutti gli scolari e professori non padovani (ed erano quasi tutti forestieri) di partire subito dalla città.

Tale ordine venne tosto eseguito per timore della scomunica e l'Università si spense come un lumicino cui mancasse il naturale alimento. Due anni dopo avvenne un accomodamento tra i Padovani ed il Clero e venne stipulata una convenzione approvata dal Papa, il quale ingiunse al suo Legato Cardinale Pietro Colonna di' sanzionarla a suo nome e di revocare la sentenza di censura, e che venissero richiamati gli scolari ed i professori a patto che essi stessi obbligassero i Padovani a revocare i precedenti statuti.

La celebre Università rifulse subito come d'incanto e riprese la sua normale grandezza. Di questo fatto esistono i documenti autentici nell'Archivio Vescovile di questa diocesi, ed e segnato anche nella Storia di Rolando da Piazzola professore della nostra Università in quell'epoca.